Al di fuori del Vaticano, a Roma si trovano due opere eseguite dall’artista: il celebre Polittico Albani-Torlonia, secondo parte della critica commissionato da Papa Giulio II e completato intorno al 1491 e la Madonna con Bambino (1497) della Galleria Borghese.

A Firenze, città in cui Perugino instaura una fiorente bottega parallelamente a quella di Perugia, lascia molte opere degne di menzione, di ogni formato, eseguite sia per gli enti ecclesiastici sia per la devozione di committenti privati. Nella Sala capitolare del monastero di Santa Margherita de’ Pazzi esegue una monumentale Crocifissione nel 1495. Per la chiesa della Santissima Annunziata, conduce a termine un’opera avviata da Filippino Lippi che oggi si trova presso la Galleria dell’Accademia, la Deposizione dalla Croce, parte della macchina d’altare destinata al complesso religioso, realizzandone un’altra parte ex novo, l’Assunta, ancora nella sede originaria.

Presso il Convento del Fuligno, negli anni Novanta del Quattrocento, realizza per l’antico refettorio l’unico Cenacolo ad oggi conosciuto del pittore, corredato nella parte alta da un finto colonnato prospettico e un paesaggio animato che narra l’Orazione nell’orto del Getsemani.

Per la chiesa del convento di San Giusto alle mura dei frati Ingesuati, distrutta durante l’assedio di Firenze del 1529, esegue tra il 1483 e il 1493 una Pietà, una Crocifissione e un’Orazione nell’orto, conservati presso la Galleria degli Uffizi.

Incaricato dai Vallombrosani, per l’altare maggiore della loro abbazia, esegue una Pala, oggi smantellata, di cui agli Uffizi si conservano due tavolette con i ritratti di Don Biagio Milanesi e di Don Baldassarre Vallombrosano.
Nel 1493, su committenza privata, esegue una Madonna in trono con Bambino e Santi destinata a San Domenico di Fiesole, oggi alle Gallerie degli Uffizi, in cui si trovano anche due ritratti a carattere laico di metà anni Novanta, il Ritratto di Francesco delle Opere, emblematico e talvolta ritenuto un autoritratto, e il Ritratto di giovinetto, un giovane membro della famiglia Bracceschi; nel 1500 esegue un altro dipinto dalla forte caratterizzazione ritrattistica, probabilmente prendendo a modello la moglie Chiara Fancelli, per dare le sembianze a una Santa Maria Maddalena.

Presso il refettorio del convento di Santa Croce, si trova una tavola attribuita al pittore o alla bottega, il Sant’Antonio da Padova risalente al 1515 circa.

In zona Oltrarno, nei pressi dell’antico Mons florentinum dove San Miniato portò miracolosamente la sua testa decapitata dopo il martirio, Perugino si occupa dei disegni per le vetrate della chiesa francescana di San Salvatore al Monte, come anche in Santo Spirito, collocata sempre nella medesima sponda del fiume Arno.
Alla Galleria Palatina è conservato un Compianto su Cristo morto, databile al 1495 e realizzato in origine per il convento di Santa Chiara e la Madonna del Sacco, dipinto conosciuto con questo curioso nome per il sacco da viaggio bianco, sulla sinistra della scena, sopra cui è accomodato Gesù Bambino.

Infine, nella collezione della Cassa di Risparmio di Firenze, si segnala un affresco staccato, riferibile all’anno 1497, in cui il pittore dipinge un Compianto su Cristo morto.

Eseguita nella città di Firenze, per essere poi inviata a Cremona dove vivevano i committenti, membri della ricca famiglia Roncadelli, è la Madonna col Bambino in trono tra i santi Giovanni Evangelista e Agostino (1594), ancora custodita nella città lombarda, all’interno della chiesa di Sant’Agostino.

Incaricato da Ludovico il Moro, esegue per la Certosa di Pavia un Polittico databile al 1499 circa, oggi smembrato.

Spostandoci nella regione Marche, si ricordano tre dipinti del Maestro: a Fano, una Pala d’altare molto simile nella composizione a quella della Galleria Borghese a Roma, con la Madonna in trono con Bambino e Santi (1497), completa della lunetta superiore con il Compianto su Cristo e la predella con cinque scene della Vita della Vergine, e un’Annunciazione, entrambe le opere ancora visibili nella chiesa di Santa Maria Nuova; a Senigallia, per la chiesa di Santa Maria delle Grazie, una Pala sempre sul modello borghese e fanese, oggi collocata presso la Pinacoteca Diocesana della città.